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March 26, 24
スライド概要
[第9回大阪sas勉強会] 高原 志津子
SAS言語を中心として,解析業務担当者・プログラマなのコミュニティを活性化したいです
~大阪SAS勉強会~ #15 症例データと検体データと の連結に難渋した事例 2024年3月22日 福井大学医学部附属病院 医学研究支援センター 高原 志津子
本日の事例 ここだけ口頭でお話します。 福井大学は主幹も参加もしていない研究の話です。 2
当初の研究者の説明 検体番号:AA1234 カルテID:211123 氏名:タカハラシヅコ 施設名:猫山大学 外注検査結果 検体ID 項目A AA1234 12.3 項目B 45.6 検体管理データ 検体ID 施設名 カルテID 検査日 AA1234 猫山大学 211123 2023/9/1 タカハラシヅコさん カルテID:211123 EDC 登録番号:0001 施設名:猫山大学 カルテID:211123 イニシャル姓名:TS Visit1採血日:2023/9/1 マッチング 解析用 データ 3
(問題てんこ盛りな)状況① • (通常診療なので当然といえば当然だが)採血室にはEDCの登録 番号は連絡されない(1施設を除く)。 →検体情報にはEDC登録番号が付与されない。 • 施設(担当者?)によって、スピッツ(伝票?)のデータがバラ バラ。 →検体管理データの情報もバラバラかつ抜けや誤りが多い。 →施設名すら統一されていない。 例:ネコヤマダイ/ネコヤマダイガク/ネコヤマダイHP/ネコヤマダイビョウイン/ネコヤマ ダイガクビョウイン/ネコヤマダイガクHP/… 211123 タカハラシヅコ 2023/9/1 ここは大丈夫だと 思っていたのに・・・ 4
(問題てんこ盛りな)状況② • EDC入力が遅れており、採血日データが無い。 • 採血日の入力間違い。 • カルテ番号の入力間違い。 • 前ゼロの有無(例)0001358と1358 • 数字が続く場合の打ち間違い(例)211123→21123 or 2111123 • 単純な入力ミス(例)211123→211133 • 症例数が多いため、同一施設で1日に複数症例の採血がある。 • 施設により、検査日欄に採血日ではない日付(結果確定日?) が入力されている。 5
実態例 検体番号:AA1234 カルテID:ブランク 氏名:タカハラジツコ 施設名:ネコヤマダイ 外注検査結果 検体ID 項目A AA1234 12.3 項目B 45.6 検体管理データ 検体ID 施設名 カルテID 患者氏名 AA1234 ネコヤマダイ タカハラシヅコさん カルテID:211123 EDC 登録番号:0001 施設名:猫山大学 カルテID:21123 イニシャル姓名:ST Visit1採血日:2023/9/1 検査日 タカハラジツコ 2023/9/4 イニシャル=TJ マッチング?? 解析用 データ 6
マッチング 以下の順でマッチングを行い、マッチングしたものを除外、 残ったものを次の方法でマッチング、を繰り返す 1. 施設+カルテID+日付の完全形でマッチング 2. (某1施設のみ)検体のカルテIDに症例登録番号が入ってい るので、その番号と症例データの登録番号 3. 施設+カルテID 4. 施設+カルテIDの前ゼロを除いたもの同士 5. 施設+カルテIDの連続文字を1つにしたもの同士 例(211123→2123) 6. カナ氏名からイニシャルを自動割り出ししてイニシャル同士 7. 片方のイニシャルの姓名を逆にしたもの 8. 症例データの施設+採血日で前後1週間に別の症例の採血日が 無い場合は、前後1週間の検査日のデータ 7
使ったコードサンプル(付録につけました) • カナ氏名をイニシャルにする • バラバラな施設名をコード化してまとめる • 診察券IDの前ゼロとブランク等を取る doループ 8
迷子データはなるべく減らしたい・・・ • 研究の質の問題だけではありません 使わないなら 血を返せ! 使わないなら 労力を返せ! EDC入力者 被験者 検体 測定 者 DM 検査費も 返せ! 研究 責任 医師 検体 管理 者 9
まとめ • 研究者の思い通りのデータなど来ない • • • • • 入力・記載ミス 記載もれ 担当者の適当な手書き? EDC入力サボり (多施設の場合)施設毎の事情やルール • 世の中、思い通りにコトは運ばない • あらかじめ「ここがうまくいかなければマッチングはできな い」旨をきちんと文書(メールなど)で伝えておく →それでも「大丈夫」という返事が・・・orz • 蓋をあけて酷い状況であったら、早いうちにその状況を 依頼者に伝える (後になればなるほどデータへの期待が大きくなる) 10
ご清聴ありがとうございました 11