コンピュータと共に創る未来の化学

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October 16, 24

#科学 #分子 #生体分子 #元素 #元素楽章 #北海道石 #3dプリンタ #ノーベル賞 #ai #3Dプリンタ #分子模型 #タンパク質構造 #AlphaFold #川上モデル

スライド概要

日本コンピュータ化学会＠サイエンスアゴラ2024（2024/10/26-27，テレコムセンタービル）におけるecosci.jpブース展示の内容紹介です。詳細および他の企画等については以下をご参照ください。
http://www.ecosci.jp/sccj_sa2024/
※室蘭公開イベント（2024/10/19）でも同内容で出展します。

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各ページのテキスト
1.

http://www.ecosci.jp/sccj_sa2024/ https://sites.google.com/view/sccj2024fpublicevent/ 本間善夫（ecosci.jp） 日本コンピュータ化学会＠サイエンスアゴラ2024（2024/10/26-27） 日本コンピュータ化学会2024年秋季年会公開イベント（室蘭市，2024/10/19） ➢ 模型製作：スタジオミダス http://studio-midas.com/

2.

◆画期的3Dプリンタ模型で見る星屑；フルカラーで見る結晶ほか “触る”科学の魅力；川上モデル以外の模型も展示 Jmol形式分子は Microsoft Edgeで Internet Explorer モードにして閲覧可能 http://www.ecosci.jp/km/km_ligand.html http://www.ecosci.jp/chem18/crystal2014.html

3.

◆画期的3Dプリンタ模型，川上モデル “触る”科学の魅力；川上モデル以外の模型も展示 ●川上勝，生物物理 55, 104-107 (2015) https://www.jstage.jst.go.jp/article/ biophys/55/2/55_104/_pdf http://www.ecosci.jp/m/ スタジオミダス提供の 分子模型製作中の写真 http://www.tkd-pbl.com/book/b146076.html ●川上モデル製作：スタジオミダス http://studio-midas.com/bunshi/

4.

◆水に溶ける? 溶けない? タンパク質の1次構造～4次構造 ヘモグロビンを例に RCSB PDB http://www.pdb.org/pdb/ http://www.ecosci.jp/pdb/hemoglobin_s.html http://www.youtube.com/ watch?v=qBRFIMcxZNM

5.

◆水に溶ける? 溶けない? タンパク質の1次構造～4次構造 ヘモグロビンを例に RCSB PDB http://www.pdb.org/pdb/ http://www.ecosci.jp/pdb/hemoglobin_s.html http://www.youtube.com/ watch?v=qBRFIMcxZNM

6.

◆水に溶ける? 溶けない? “水と油”で見る20種類のアミノ酸；展示3Dプリンタ模型 （“鍵と鍵穴”模型も）のアミノ酸着色 http://www.ecosci.jp/amino/amino2j.html

7.

◆有機概念図発祥の地＝熊本大学薬学部 http://www.sankyo shuppan.co.jp/deta il.php?id=310 ◎Kawakami Model（“鍵と鍵穴”模型も）ではタンパク質中のアミノ酸を有機概念図の 無機性・有機性の比（特性基のI/O値）に基づいて着色しています。 http://www.ecosci.jp/ocd/

8.

◆有機概念図発祥の地＝熊本大学薬学部 http://www.sankyo shuppan.co.jp/deta il.php?id=310 ◎Kawakami Model（“鍵と鍵穴”模型も）ではタンパク質中のアミノ酸を有機概念図の 無機性・有機性の比（特性基のI/O値）に基づいて着色しています。 http://www.ecosci.jp/ocd/

9.

◆川上モデル「鍵と鍵穴」模型 性ホルモンと環境ホルモン，PFAS ビスフェノールA “元素・分子が登場する本を読もう！” http://www.ecosci.jp/env/ POPs_WWF_new20.html PFAS汚染問題 http://www.ecosci.jp/PFAS/ JmolトピックNo.1091 http://www.ecosci.jp/chem13/topics22e.html#01 https://news.yahoo.co.jp/ articles/5b2559de6dd75 3ba171397a7b6baa77a7 f357ea7 http://www.ecosci.jp/km/km_pdbsum.html http://www.ecosci.jp/PFAS/

10.

◆川上モデル「鍵と鍵穴」模型 PFAS問題 PFAS汚染問題 http://www.ecosci.jp/PFAS/ JmolトピックNo.1091 http://www.ecosci.jp/chem13/topics22e.html#01 NHK https://www3.nhk.or.jp/news/tokushu/20240612/pfasmap/ Yahoo!ニュース，2024/10/09 https://news.yahoo.co.jp/articles/f20d395 a397f1fcfd347a7d0c4588325a19f678f http://www.ecosci.jp/km/km_pdbsum.html http://www.ecosci.jp/PFAS/

11.

◆川上モデル「鍵と鍵穴」模型 画期的3Dプリンタ模型，川上モデル ●川上勝，生物物理 55, 104-107 (2015) https://www.jstage.jst.go.jp/article/ biophys/55/2/55_104/_pdf http://www.ecosci.jp/ocd/ “鍵と鍵穴”の構造情報を提供しているのがPDBsumサイト https://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/cgibin/pdbsum/GetPage.pl?pdbcode=index.html 生物の多彩な機能を担うタンパク質の設計図がDNA http://www.ecosci.jp/ocd/ http://www.ecosci.jp/km/km_pdbsum.html ●川上モデル製作：スタジオミダス http://studio-midas.com/bunshi/

12.

◆川上モデル「鍵と鍵穴」模型 画期的3Dプリンタ模型，川上モデル ●川上勝，生物物理 55, 104-107 (2015) https://www.jstage.jst.go.jp/article/ biophys/55/2/55_104/_pdf BasePairPuzzleは「第11回かわいい感性 http://www.ecosci.jp/ocd/ デザイン賞 優秀賞」（2023年）を受賞 “鍵と鍵穴”の構造情報を提供しているのがPDBsumサイト https://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/cgibin/pdbsum/GetPage.pl?pdbcode=index.html 紹介展示：BasePairPuzzle模型（A-T構造はモザイク 処理；3Dプリンタ模型は何れもスタジオミダス製） 生物の多彩な機能を担うタンパク質の設計図がDNA http://www.ecosci.jp/ocd/ http://www.ecosci.jp/km/km_pdbsum.html ●川上モデル製作：スタジオミダス http://studio-midas.com/bunshi/

13.

◆AlphaFold/AlphaFold2 /AlphaFillの衝撃 “PDBsumサイトで入手したAlphaFold構造” FASTA形式によるアミノ酸配列の表記例（P450 3A4） PDB 2V0M_1|Chains A [23-507] MAYGTHSHGLFKKLGIPGPTPLPFLGNILSYHKGFCMFDMECHKKYGKVWGFYDGQQPVLAITDPDMIKTVLVKECYS VFTNRRPFGPVGFMKSAISIAEDEEWKRLRSLLSPTFTSGKLKEMVPIIAQYGDVLVRNLRREAETGKPVTLKDVFGAYSMDVITSTSFGVNIDSLNNPQ DPFVENTKKLLRFDFLDPFFLSITVFPFLIPILEVLNICVFPREVTNFLRKSVKRMKESRLEDTQKHRVDFLQLMIDSQNSKETESHKALSDLELVAQSI IFIFAGYETTSSVLSFIMYELATHPDVQQKLQEEIDAVLPNKAPPTYDTVLQMEYLDMVVNETLRLFPIAMRLERVCKKDVEINGMFIPKGVVVMIPSYA LHRDPKYWTEPEKFLPERFSKKNKDNIDPYIYTPFGSGPRNCIGMRFALMNMKLALIRVLQNFSFKPCKETQIPLKLSLGGLLQPEKPVVLKVESRDGTV SGAHHHH UniProt accession P08684 [1-503] MALIPDLAMETWLLLAVSLVLLYLYGTHSHGLFKKLGIPGPTPLPFLGNILSYHKGFCMFDMECHKKYGKVWGFYDGQQPVLAITDPDMIKTVLVKECYS VFTNRRPFGPVGFMKSAISIAEDEEWKRLRSLLSPTFTSGKLKEMVPIIAQYGDVLVRNLRREAETGKPVTLKDVFGAYSMDVITSTSFGVNIDSLNNPQ DPFVENTKKLLRFDFLDPFFLSITVFPFLIPILEVLNICVFPREVTNFLRKSVKRMKESRLEDTQKHRVDFLQLMIDSQNSKETESHKALSDLELVAQSI IFIFAGYETTSSVLSFIMYELATHPDVQQKLQEEIDAVLPNKAPPTYDTVLQMEYLDMVVNETLRLFPIAMRLERVCKKDVEINGMFIPKGVVVMIPSYA LHRDPKYWTEPEKFLPERFSKKNKDNIDPYIYTPFGSGPRNCIGMRFALMNMKLALIRVLQNFSFKPCKETQIPLKLSLGGLLQPEKPVVLKVESRDGTV SGA

14.

◆AlphaFold/AlphaFold2 の衝撃 ★2024年ノーベル化学賞受賞 #AI https://www.nobelprize.org/prizes/chemistr y/2024/summary/ Lasker Foundation https://laskerfoundation.org/winners/ alphafold-a-technology-forpredicting-protein-structures/ https://www.tkdpbl.com/book/b10085696.html https://www.nature.com/articles/ s41586-021-03819-2 https://www.yodosha.co.jp/yodoboo k/book/9784758125727/ http://www.ecosci.jp/AF/#nobel2024

15.

◆AlphaFold/AlphaFold2 /AlphaFillの衝撃 “PDBsumサイトで入手したAlphaFold構造” AlphaFold 構 造 と PDB 2V0MのPyMOL による重ね合わせ http://www.ecosci.jp/AF/ 1000万倍 https://www.youtube.com/watch?v= np7ZZ852ezQ …サイエンスアゴラ2021出展動画（ロング版）

16.

◆AlphaFold/AlphaFold2 /AlphaFillの衝撃 AlphaFill構造による3Dプリンタ模型 フェニルエタノールアミンN-メチルトランスフェラーゼ ◎リガンドはPDB 3HCDの ノルアドレナリンの他に 1-アミノイソキノリン アデニン 2-アミノベンゾイミダゾール レゾルシノール など http://www.ecosci.jp/AF/ https://alphafill.eu/ https://www.nature.com/articles/ s41592-022-01685-y

17.

◆AlphaFold/AlphaFold2 /AlphaFillの衝撃 AlphaFill構造による3Dプリンタ模型 ノルアドレナリンが結合 したフェニルエタノール アミン-N-メチルトラン スフェラーゼ 2000万倍 http://www.ecosci.jp/AF/

18.

◆AlphaFold/AlphaFold2 /AlphaFold3の衝撃 ★2024年ノーベル化学賞受賞 #AI AlphaFold Serverでのタンパク質のアミノ酸配列やDNAの塩基配列入力例と 計算結果例，および得られたAlphaFold3構造例のJmolによる表示 カリウムチャネルPDB 1BL8と同データのアミノ酸配列から得た AlphaFold3構造（model 0）とのPyMOLによる重ね合わせ http://www.ecosci.jp/AF/#nobel2024

19.

◆AlphaFold/AlphaFold2 /AlphaFold3の衝撃 ★2024年ノーベル化学賞受賞 #AI https://lab-brains.as-1.co.jp/enjoylearn/2024/10/70352/ AlphaFold Serverでのタンパク質のアミノ酸配列やDNAの塩基配列入力例と 計算結果例，および得られたAlphaFold3構造例のJmolによる表示 話題の「やせ薬」例のセマグルチド（semaglutide）PDB 7RBTのChain P・R（Chain P がセマグルチド）とそのAlphaFold3（model 0）構造とのPyMOLによる重ね合わせ カリウムチャネルPDB 1BL8と同データのアミノ酸配列から得た AlphaFold3構造（model 0）とのPyMOLによる重ね合わせ http://www.ecosci.jp/AF/#nobel2024

20.

◆話題の「北海道石」も展示します!! 発見メンバーの田中陵二さんの協力を得て両イベントで展示します！ https://resou.osakau.ac.jp/ja/research/2023/20230614_1 http://www.ecosci.jp/chem13/ topics23d.html#06 http://www.ecosci.jp/sccj_sa2023/ http://www.ecosci.jp/chem13/topics24d.html#04

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◆「元素楽章」で広がる元素の世界 https://agedoridori.jimdofree.com/ gensogakusho/ https://www.kagakudojin. co.jp/book/b643655.html https://x.com/GENSOGAKUSHO http://www.ecosci.jp/gensogakusho/