コンピュータと共に 創る未来の化学
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October 31, 25
スライド概要
一般公開イベント（岐阜市文化センター，2025/11/9）で展示の3Dプリンタ模型の紹介
https://sites.google.com/view/sccj2025au/%E4%B8%80%E8%88%AC%E5%85%AC%E9%96%8B
関連スライド
各ページのテキスト
http://www.ecosci.jp/ 本間善夫（ecosci.jp） 日本コンピュータ化学会2025年秋季年会公開イベント（岐阜市，2025/11/09） ➢ 模型製作：スタジオミダス http://studio-midas.com/
◆画期的3Dプリンタ模型で見る星屑；フルカラーで見る結晶ほか “触る”科学の魅力；川上モデル以外の模型も展示 Jmol形式分子は Microsoft Edgeで Internet Explorer モードにして閲覧可能 http://www.ecosci.jp/km/km_ligand.html http://www.ecosci.jp/chem18/crystal2014.html
◆画期的3Dプリンタ模型，川上モデル “触る”科学の魅力；川上モデル以外の模型も展示 ●川上勝，生物物理 55, 104-107 (2015) https://www.jstage.jst.go.jp/article/ biophys/55/2/55_104/_pdf http://www.ecosci.jp/m/ スタジオミダス提供の 分子模型製作中の写真 http://www.tkd-pbl.com/book/b146076.html ●川上モデル製作：スタジオミダス http://studio-midas.com/bunshi/
◆水に溶ける? 溶けない? タンパク質の1次構造～4次構造 ヘモグロビンを例に RCSB PDB http://www.pdb.org/pdb/ http://www.ecosci.jp/pdb/hemoglobin_s.html http://www.youtube.com/ watch?v=qBRFIMcxZNM
◆水に溶ける? 溶けない? タンパク質の1次構造～4次構造 ヘモグロビンを例に RCSB PDB http://www.pdb.org/pdb/ http://www.ecosci.jp/pdb/hemoglobin_s.html http://www.youtube.com/ watch?v=qBRFIMcxZNM
◆水に溶ける? 溶けない? “水と油”で見る20種類のアミノ酸；展示3Dプリンタ模型 （“鍵と鍵穴”模型も）のアミノ酸着色 http://www.ecosci.jp/amino/amino2j.html
◆有機概念図発祥の地＝熊本大学薬学部 http://www.sankyo shuppan.co.jp/deta il.php?id=310 ◎Kawakami Model（“鍵と鍵穴”模型も）ではタンパク質中のアミノ酸を有機概念図の 無機性・有機性の比（特性基のI/O値）に基づいて着色しています。 http://www.ecosci.jp/ocd/
◆有機概念図発祥の地＝熊本大学薬学部 http://www.sankyo shuppan.co.jp/deta il.php?id=310 ◎Kawakami Model（“鍵と鍵穴”模型も）ではタンパク質中のアミノ酸を有機概念図の 無機性・有機性の比（特性基のI/O値）に基づいて着色しています。 http://www.ecosci.jp/ocd/
◆川上モデル「鍵と鍵穴」模型 性ホルモンと環境ホルモン，PFAS ビスフェノールA “元素・分子が登場する本を読もう！” http://www.ecosci.jp/env/ POPs_WWF_new20.html PFAS汚染問題 http://www.ecosci.jp/PFAS/ JmolトピックNo.1091 http://www.ecosci.jp/chem13/topics22e.html#01 https://news.yahoo.co.jp/ articles/5b2559de6dd75 3ba171397a7b6baa77a7 f357ea7 http://www.ecosci.jp/km/km_pdbsum.html http://www.ecosci.jp/PFAS/
◆川上モデル「鍵と鍵穴」模型 性ホルモンと環境ホルモン，PFAS ビスフェノールA “元素・分子が登場する本を読もう！” http://www.ecosci.jp/env/ POPs_WWF_new20.html PFAS汚染問題 http://www.ecosci.jp/PFAS/ JmolトピックNo.1091 http://www.ecosci.jp/chem13/topics22e.html#01 https://news.yahoo.co.jp/ articles/5b2559de6dd75 3ba171397a7b6baa77a7 f357ea7 http://www.ecosci.jp/km/km_pdbsum.html http://www.ecosci.jp/PFAS/
◆川上モデル「鍵と鍵穴」模型 PFAS問題 PFAS汚染問題 http://www.ecosci.jp/PFAS/ JmolトピックNo.1091 http://www.ecosci.jp/chem13/topics22e.html#01 NHK https://www3.nhk.or.jp/news/tokushu/20240612/pfasmap/ Yahoo!ニュース，2024/10/09 https://news.yahoo.co.jp/articles/f20d395 a397f1fcfd347a7d0c4588325a19f678f http://www.ecosci.jp/km/km_pdbsum.html http://www.ecosci.jp/PFAS/
◆川上モデル「鍵と鍵穴」模型 画期的3Dプリンタ模型，川上モデル ●川上勝，生物物理 55, 104-107 (2015) https://www.jstage.jst.go.jp/article/ biophys/55/2/55_104/_pdf http://www.ecosci.jp/ocd/ “鍵と鍵穴”の構造情報を提供しているのがPDBsumサイト https://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/cgibin/pdbsum/GetPage.pl?pdbcode=index.html 生物の多彩な機能を担うタンパク質の設計図がDNA http://www.ecosci.jp/ocd/ http://www.ecosci.jp/km/km_pdbsum.html ●川上モデル製作：スタジオミダス http://studio-midas.com/bunshi/
◆川上モデル「鍵と鍵穴」模型 画期的3Dプリンタ模型，川上モデル ●川上勝，生物物理 55, 104-107 (2015) https://www.jstage.jst.go.jp/article/ biophys/55/2/55_104/_pdf BasePairPuzzleは「第11回かわいい感性 http://www.ecosci.jp/ocd/ デザイン賞 優秀賞」（2023年）を受賞 “鍵と鍵穴”の構造情報を提供しているのがPDBsumサイト https://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/cgibin/pdbsum/GetPage.pl?pdbcode=index.html 紹介展示：BasePairPuzzle模型（A-T構造はモザイク 処理；3Dプリンタ模型は何れもスタジオミダス製） 生物の多彩な機能を担うタンパク質の設計図がDNA http://www.ecosci.jp/ocd/ http://www.ecosci.jp/km/km_pdbsum.html ●川上モデル製作：スタジオミダス http://studio-midas.com/bunshi/
◆AlphaFold /AlphaFold2 /AlphaFold3 の衝撃 ★2024年ノーベル化学賞受賞 #AI https://www.nobelprize.org/prizes/chemistr y/2024/summary/ Lasker Foundation https://laskerfoundation.org/winners/ alphafold-a-technology-forpredicting-protein-structures/ https://www.tkdpbl.com/book/b10085696.html https://www.nature.com/articles/ s41586-021-03819-2 https://www.yodosha.co.jp/yodoboo k/book/9784758125727/ http://www.ecosci.jp/AF/#nobel2024
◆AlphaFold/AlphaFold2 /AlphaFillの衝撃 “PDBsumサイトで入手したAlphaFold構造” FASTA形式によるアミノ酸配列の表記例（P450 3A4） PDB 2V0M_1|Chains A [23-507] MAYGTHSHGLFKKLGIPGPTPLPFLGNILSYHKGFCMFDMECHKKYGKVWGFYDGQQPVLAITDPDMIKTVLVKECYS VFTNRRPFGPVGFMKSAISIAEDEEWKRLRSLLSPTFTSGKLKEMVPIIAQYGDVLVRNLRREAETGKPVTLKDVFGAYSMDVITSTSFGVNIDSLNNPQ DPFVENTKKLLRFDFLDPFFLSITVFPFLIPILEVLNICVFPREVTNFLRKSVKRMKESRLEDTQKHRVDFLQLMIDSQNSKETESHKALSDLELVAQSI IFIFAGYETTSSVLSFIMYELATHPDVQQKLQEEIDAVLPNKAPPTYDTVLQMEYLDMVVNETLRLFPIAMRLERVCKKDVEINGMFIPKGVVVMIPSYA LHRDPKYWTEPEKFLPERFSKKNKDNIDPYIYTPFGSGPRNCIGMRFALMNMKLALIRVLQNFSFKPCKETQIPLKLSLGGLLQPEKPVVLKVESRDGTV SGAHHHH UniProt accession P08684 [1-503] MALIPDLAMETWLLLAVSLVLLYLYGTHSHGLFKKLGIPGPTPLPFLGNILSYHKGFCMFDMECHKKYGKVWGFYDGQQPVLAITDPDMIKTVLVKECYS VFTNRRPFGPVGFMKSAISIAEDEEWKRLRSLLSPTFTSGKLKEMVPIIAQYGDVLVRNLRREAETGKPVTLKDVFGAYSMDVITSTSFGVNIDSLNNPQ DPFVENTKKLLRFDFLDPFFLSITVFPFLIPILEVLNICVFPREVTNFLRKSVKRMKESRLEDTQKHRVDFLQLMIDSQNSKETESHKALSDLELVAQSI IFIFAGYETTSSVLSFIMYELATHPDVQQKLQEEIDAVLPNKAPPTYDTVLQMEYLDMVVNETLRLFPIAMRLERVCKKDVEINGMFIPKGVVVMIPSYA LHRDPKYWTEPEKFLPERFSKKNKDNIDPYIYTPFGSGPRNCIGMRFALMNMKLALIRVLQNFSFKPCKETQIPLKLSLGGLLQPEKPVVLKVESRDGTV SGA
◆AlphaFold/AlphaFold2 /AlphaFillの衝撃 “PDBsumサイトで入手したAlphaFold構造” AlphaFold 構 造 と PDB 2V0MのPyMOL による重ね合わせ http://www.ecosci.jp/AF/ 1000万倍 https://www.youtube.com/watch?v= np7ZZ852ezQ …サイエンスアゴラ2021出展動画（ロング版）